Representen la unió de dos o més aminoàcids per mitjà d'una connexió entre l'original i els pèptids. En els productes i en les proteïnes, aquests enllaços estan relacionats amb els enllaços peptídics i el resultat de la reacció de el grup carboxil, amb el grup amino d'un altre, amb eliminació d'una molècula d'aigua.
El enllaç peptídic (-CO-NH) es representa normalment com un enllaç senzill. No obstant això, posseeix una sèrie de característiques que l'aproximen més a un doble enllaç. Com el nitrogen és menys electronegatiu que l' oxigen, l'enllaç CO té un 60% de caràcter de doble enllaç mentre que l'enllaç CN té un 40%. Per tant, els enllaços CO i NC de l'enllaç peptídic tenen característiques intermèdies entre l'enllaç senzill i l'enllaç doble. De fet, les distàncies interatòmiques mesures en els enllaços CO i CN són intermediaris entre les connexions senzilles i el doble enllaç. Aquesta disposició atòmica està estabilitzada per ressonància, De manera que els sis àtoms implicats en la formació de l'enllaç peptídic estan continguts en el mateix pla.
Una altra conseqüència important de la ressonància és que augmenta la polaritat de l'enllaç peptídic i estableix un moment dipol (figura dreta a la taula anterior). Per aquesta raó, cada enllaç peptídic pot participar en dos enllaços d'hidrogen. En un d'ells, el grup -NH- actua com donant d'hidrogen i en l'altre, el grup -CO- actua com a receptor d'hidrogen. Aquesta propietat contribueix notablement a l'plegament tridimensional de les proteïnes, com veurem més endavant.
La naturalesa parcial del doble enllaç evita la rotació lliure de l'enllaç que uneix els àtoms C i N en l'enllaç peptídic. Aquesta rigidesa del doble enllaç limita les possibilitats conformacionals dels pèptids. Hi ha dues configuracions possibles:
- Configuració cis: els dos Ca es troben al mateix costat de l'enllaç doble.
- Configuració Trans: els dos Ca es troben en un costat diferent de l'enllaç doble.
Cal observar que, en general, l'enllaç peptídic es representa com un enllaç simple. En qualsevol cas, té diverses característiques que el fan prop d'un doble enllaç. És per això que els especialistes generalment esmenten que un enllaç peptídic té propietats que el col·loquen a mig camí entre un sol enllaç i un enllaç doble.
