Els organismes anaeròbics són totalment oposats als organismes aeròbics, ells no utilitzen l'oxigen diatòmic per al seu creixement, metabolisme i diferenciació, aquests treballen amb compost diferents, donant a lloc una subclassificació si aquests microorganismes treballen amb un compost química anomenat piruvat es diu que el seu metabolisme és de tipus fermentatiu (utilitzen la fermentació) en canvi sí és una altra substància diferent a l'piruvat si diu que és un organisme practicador de la respiració anaeròbia.
La fermentació consisteix en l'obtenció d'energia química a partir d'un procés catabòlic i d'oxidació sense acabar o incompleta d'un compost orgànic, està d'acord al seu producte final pot classificar-se en fermentació alcohòlica ja que genera etanol, fermentació làctica produeix àcid làctic, fermentació butírica, entre d'altres; per la seva banda les respiracions anaeròbiques consisteixen en una cadena de transport per electrons usualment semblant a la de respiració aeròbica però en lloc de l'acceptor final sigui l'oxigen, en aquest cas seria qualsevol compost de naturalesa inorgànica.
Així com hi ha bacteris aerobis també es troben en existència bacteris anaeròbics les quals poden viure sense ell oxigen, algunes d'elles es troben dins de l'organisme humà en llocs on no hi ha presència d'oxigen com per exemple en l'intestí gros on funcionen com putrefactius de la matèria fecal, d'acord a la seva resistència a l'oxigen poden classificar-se en: bacteris anaerobis obligades aquestes no poden créixer en àrees on hi hagi presència d'oxigen ja que li mateix és nociu i pot causar la seva aniquilació, bacteris aerotolerantes mai utilitzessin a l'oxigen per als seus processos metabòlics però pot viure en ambients oxigenats, anaeròbies facultativespoden utilitzar l'oxigen com a acceptor final d'electrons però si estan en ambients on no hi hagi oxigen utilitzen la via fermentativa.
