En l'àmbit científic a l' blau de metilè se li coneix com clorur de metiltionina, és un colorant emprat com tintura per pigmentar algunes parts de el cos d'una persona, abans o durant la realització d'una cirurgia. Els metges l'utilitzen bàsicament com a antisèptic i cauteritzador intern.
Igualment es fa servir com a pintura en les tincions per a les observacions realitzades a través d'un microscopi, i per pintar els resultats en els laboratoris, ja que compta amb la capacitat de pintar l'orina i la femta. Finalment també és utilitzat en el tractament per disminuir metahemoglobina. Entre les seves característiques aquesta que és un element compost de vidres, d'un color verd fosc brillant, no té olor i no s'altera amb l'aire.
Es pot dissoldre fàcilment en aigua i prudentment en alcohol i a l'estar en contacte amb ells, el seu color es transforma en blau fosc profund, també és utilitzada per combatre els fongs en les ungles, igualment es pot emprar per pintar la roba blanca, quan aquesta comença a posar-se groguenca.
En l'aqüicultura, és molt utilitzat per a tractar les infeccions en els peixos de l'tròpic, és molt efectiu per combatre el paràsit protozoa que és el que origina les infeccions en els peixos. Bàsicament és usat per cuidar els ous acabats de llocs pels peixos, perquè aquests no s'infectin per alguna bacteri o fongs, resulta de molta utilitat si es vol incubar de forma artificial els ous. Les persones poden adquirir el blau de metilè sense prescripció mèdica, generalment s'utilitza com antisèptic d'ús tòpic.
