Catacumbes va sorgir en al·lusió a les catacumbes de Roma, 1 nom donat originalment a un antic cementiri situat no gaire lluny de la Via Apia. El Cementiri dels Innocents (prop de Saint-Eustache, a l'àrea de Les Halles) havia estat en ús durant gairebé deu segles i s'havia convertit en una font d' infecció per als habitants de la localitat. Després de nombroses queixes, el Consell d'Estat va decidir, el 9 de novembre de 1785, prohibir l'ús posterior de l'Cementiri dels Innocents i eliminar els seus continguts.
Les pedreres en desús van ser triades per rebre els restes; la ciutat de París acabava de completar una inspecció general de les pedreres per enfortir les carreteres públiques minades per elles. Els treballs de construcció es van realitzar en el planter "Tombe-Issoire", utilitzant grans quantitats de pedra, enfortint les galeries i completant mitjançant l'excavació d'una escala, flanquejada per un pou en què es podien llançar els ossos.
La transferència de les restes va poder començar després de la benedicció i consagració de el lloc el 7 d'abril de 1786, i va continuar fins a 1788, sempre a l'vespre i després d'una cerimònia en la qual una processó de sacerdots en sobrepellís cantava el servei dels morts per la ruta pels carros carregats amb ossos, que estaven coberts per un vel negre. Després, fins a 1814, el lloc va rebre les restes de tots els cementiris de París.
Hi va haver altres raons que van portar a l'elecció d'excavacions subterrànies. En els cristians, el sentit de comunitat es va viure amb gran força: també volien estar junts en el " somni de la mort ".
Segons la llei romana, estava prohibit l'enterrament de l'difunt dins dels murs de la ciutat, totes les catacumbes estaven situades al llarg de les grans carreteres consulars i, en general, en els suburbis de l'època.
Les Catacumbes de París es van reobrir el 14 de juny de 2005, després de diversos mesos de tancament per a la construcció. S'ha ajustat la il·luminació, s'han reforçat les voltes i s'han tornat a col·locar les parets dels ossos.