Aquest terme té diferents conceptes, cadascun dependrà de l'especialitat científica a on sigui aplicat. Per exemple, en biologia l'epigènesi és una vella teoria sobre el mecanisme pel qual els éssers humans es desenvolupen, és a dir, un embrió evoluciona partint de l'zigot que encara no s'ha distingit, el que evidencia la inexistència d'elements miniatures, d'òrgans que ja són presents en els gàmetes.
Aquesta teoria contradiu la teoria de la preformació, la qual enuncia que la evolució d'un embrió, representa el creixement d'un organisme que ja es trobava preformat. No obstant això segons la epigènesi els òrgans que conformen l'embrió, es formen del no-res, a través d' estímuls derivats de l'ambient.
Aquesta teoria interpreta el mecanisme de sintonització final, per mitjà de qual cada ésser s'acobla, d'una manera eficient al seu ambient, partint de les capacitats incloses en la seva codificació genètica. Ja que els gens en general, formen part d'una xarxa una mica complicada d'interaccions que mantenen una retroalimentació. I per tant, no procedeixen de manera independent.
Al llarg de la història sempre s'ha manejat un debat que confronta a la teoria epigenètica amb la preformació. No obstant això el preformacionismo arriba a la seva fi, el mateix moment en què la tecnologia va poder evidenciar l'origen epigenètic dels òrgans. Cal afegir que aquest debat va ser un dels més històrics que s'hagin vist, el mateix va ser realitzat durant el segle XIX.
Ara bé, en el camp de la mineralogia, el terme epigènesi és emprat per referir-se a la modificació de la naturalesa química d'un mineral, sense que sigui necessari la alteració de la seva estructura.
