L'etimologia de la paraula filogènia prové de el grec "phylon" que significa tribu o raça i "gen" que vol dir produir o generar, és una branca de la biologia que s'encarrega d'estudiar l'origen i el desenvolupament de les espècies d'una forma global. El terme va ser utilitzat per primera vegada pel biòleg Ernst Haeckel en 1866, aquesta part de la biologia va ratificar les teories proposades pels biòlegs Charles Darwin i Alfred Russel Wallace que deien que els éssers vius no es mantenen immutables sinó que evolucionen amb el passar el temps.
Aquesta ciència comparteix la idea que tots els éssers vius tenen un avantpassat en comú i com es va esmentar, aquesta estudia les relacions que hi ha entre diferents organismes i tracta d'establir la descendència o parentiu que hi pugui haver entre un i l'altre. Actualment arran de l'evolució en el camp de la genètica es pot estudiar de manera més eficient les similituds i diferències entre una espècie i l'altra.
A través dels anys s'ha compartit la idea que els éssers vius evolucionen per causa de mutacions en l'ADN, això amb la finalitat d'adaptar-se millor a a l'ambient, en alguns casos aquestes mutacions donen pas a noves espècies, però en altres aquestes modificacions d'ADN només canvien algun tret que ajudarà a l'adaptació de l'espècie al seu ecosistema.
l'aplicació de la filogènia a l'actualitat ha permès grans avenços en l'àmbit científic i medicinal, un exemple d'això és, l' estudi de la seqüència mitocondrial, també a l'hora de detectar l'origen d'alguna malaltia contagiosa a l'comparar les soques de bacteris i virus.
