La paraula microorganisme prové de el grec, formada per "Mikro" que significa petit, més l'arrel "organon" que vol dir òrgan, eina o instrument, i el sufix "isme" que significa activitat o sistema. S'entén per microorganisme a tots aquells organismes, formes de vida o éssers vius unicel·lulars, majoritàriament, encara que en alguns casos es tracti d'organismes cenóticos compostos per cèl·lules multinucleades, o fins i tot multicel·lulars, molt petits, que només poden ser vistos per mitjà de un microscopi; La ciència que estudia aquests fenòmens microscòpics és la microbiologia. Entre aquests microorganismes estan els bacteris, els virus, els fongs i els llevats.
Aquests microorganismes, també anomenats microbis, val acotar; poden causar el dany o deteriorament de molts aliments, i així causar malalties a l'ésser consumits causa de la seva contaminació, aquests són els microorganismes patògens, els quals, si no se'ls combat a temps la persona, animal o planta infectada pot patir malalties que poden generar complicacions, posant així en risc la seva vida o també contagiar a les persones que tinguin contacte amb els mateixos. Encara que poden trobar-se alguns microorganismes patògens que no produeixen aquest deteriorament en els aliments, i per tant és important afegir que hi ha alguns microorganismes que solen ser de profit i benefici, Fins a ser utilitzats en el processament dels aliments per tal d'estendre la seva durabilitat o de canviar les propietats d'aquests; un comú cas d'això és la fermentació que es realitza per a l'elaboració dels formatges o el iogurt. I finalment podem dir que els microbis tenen diferents mides i formes.
