L'origen de l' microscopi es va donar ja que els antics sabien de mirar a través dels miralls corbs o les esferes de vidre amb aigua, feien veure les coses petites amb augment. És llavors quan les primeres dècades de segle XVII van començar a realitzar proves amb lents per poder obtenir un major augment dels objectes. per això es van basar en el primer instrument realitzat amb lents que va tenir un gran èxit "el telescopi " usat per primera vegada en caps astronòmics per galileu en l'any 1609.
A principis de segle XX la fabricació d'aquest es va concentrar principalment a Alemanya i en els anys successius es va desenvolupar el contrast de fase, la fluorescència, holografia, interferència, raigs X, llum ultraviolada, mètodes amb electrons i protons. També es van desenvolupar microscopis computats per a la quantificació, quantificació i anàlisi tridimensional, aquests instruments van obrir molts camps en l'àrea de la microscòpia. Des de l'any 1660 fins a l'actualitat el microscopi òptic ha estat el pilar fonamental per a l'estudi de l'invisible. Encara que, la seva resolució va augmentar amb el temps amb la millora de la qualitat dels lents a l'igual que el seu poder de magnificació.
En 1930 el món submicroscòpic es va ampliar amb la creació de l'microscopi electrònic la diferència principal a l'microscopi òptic és l'augment de 1000 vegades més en la fase de magnificació de l' material observat, acompanyat d'una millor capacitat de resolució generant aquest millor definició i ampliació en el món microscòpic.
Hi ha dos tipus de microscopis electrònics bàsics tots dos van ser inventats a el mateix temps però compleixen diferents funcions, aquests són:
- Microscopi electrònic de transmissió (MET): aquest s'encarrega de projectar electrons a través d'una fina capa de material o teixit a observar reflectint una imatge sobre una pantalla fosforescent.
- Microscopi electrònic de rastreig (MER): aquest produeix una imatge que dóna una impressió de ser en tres dimensions. aquest microscopi utilitza tres o dos punts on arriben els electrons de la mostra que escanegen la superfície de l'espècimen a observar.
La majoria dels pioners de la microscòpia electrònica en biologia segueixen vius i els més importants són: Albert Claude, Earnest Fullam, Don Fawcett, Charles Leblond, John Luft, Daniel Pease, Keith Porter i George Palade.
