La paraula molècula és un diminutiu de el vocable llatí "moles" que significa massa, així que molècula significa "massa petita". Una molècula és la unió o conjunt de dos o més àtoms, els quals poden ser iguals o diferents, si s'arriben a separar aquests àtoms canviaria les propietats de la matèria.
Una molècula és un sistema estable i elèctricament neutre que està compost pel conjunt de dos o més àtoms units per enllaços químics, que s'anomenen enllaços covalents. Aquests àtoms poden ser iguals com és el cas de l' hidrogen (H2) i l'oxigen (O2), les quals són molècules diatòniques, o poden ser formades per àtoms diferents com passa amb l'aigua (H2O) que està composta per dos àtoms d'hidrogen i un d'oxigen i el gas metà (CH4) en la molècula hi ha quatre àtoms d'hidrògens enllaçats amb un de carboni.
La molècula és considerada la porció més petita que es pot obtenir de la matèria perquè pugui conservar les seves propietats químiques. La principal raó perquè es formin les molècules, és que hi ha àtoms que tendeixen a assolir una condició mínima d'energia i per aconseguir-ho fa a través dels enllaços covalents amb altres àtoms que presentin la mateixa condició, aquest enllaç no es pot dissoldre amb facilitat, i és allà quan neix una molècula.
En una substància, les molècules que les componen no es troben estàtiques, per contra, es troben en constant moviment, el qual és anomenat vibració molecular, i aquesta al seu torn pot ser de flexió o tensió.
