La ciència d'origen és una ciència que s'ocupa dels esdeveniments d'origen, no cau dins de la categoria de ciència empírica, que tracta amb les regularitats observades en el present. Més aviat, s'assembla més a la ciència forense. En molts sentits, la ciència d'origen s'assembla més a les investigacions científiques realitzades pels investigadors d'una escena de crim.
La ciència d'origen difereix de la ciència de l'operació perquè no s'ocupa de les regularitats presents. En canvi, se centra en una acció singular al passat.
De la mateixa manera, la investigació sobre la ciència d'origen ha d'usar la evidència disponible (els ossos i les pedres) per intentar reconstruir un esdeveniment passat. Per tant:
En la ciència d'origen, cal trobar analogies en el present amb aquests esdeveniments en el passat. Així, per exemple, si hi ha evidència que la vida ara pot sintetitzar a partir de substàncies químiques (sense manipulació intel·ligent) sota condicions similars a les que raonablement se suposa que van existir alguna vegada a la terra primitiva, llavors una explicació naturalista (causa secundària) de l'origen de la vida és plausible. Si, d'altra banda, es pot demostrar que el tipus d'informació complexa que es troba en una cèl·lula viva és similar a la que pot produir-se regularment per una causa intel·ligent (primària), llavors es pot argumentar de manera plausible que hi va haver una intel·ligència causa del primer organisme viu.
Quan discutim les diferències entre la ciència de l'origen i la ciència de l'operació, és important assenyalar que els evolucionistes i creacionistes difereixen en el que creuen que va causar l'origen de l'univers, l'origen de la vida i l'origen de les principals formes de vida. "Els evolucionistes plantegen una causa natural secundària per a ells; els creacionistes defensen una causa primària sobrenatural ".
Els evolucionistes sostenen que una explicació naturalista és tot el que és necessari per explicar aquests esdeveniments d'origen. La terra no va ser creada; evolucionar. El mateix van fer tots els animals i plantes que l'habiten, inclosos els nostres éssers humans, ment i ànima, així com el cervell i el cos. També ho va fer la religió ".
Encara que la majoria dels científics d'avui no fan espai per el sobrenatural, aquest no va ser sempre el cas. De fet, es pot argumentar que va ser una visió cristiana de la realitat el que essencialment va donar origen a la ciència moderna.