La desfragmentació és un procés en el qual s'organitzen les fraccions d'un arxiu, que es troben escampades pel disc dur d'un dispositiu electrònic. Això es fa amb la finalitat de que l'accés a la mateixa sigui molt més ràpid i senzill, a més que no hi hagi "buits" d'informació en determinades parts. Aquest problema d'emmagatzematge no contigu és denominat "fragmentació", i ocorre perquè els arxius no queden en àrees contínues, a causa de la incorporació i eliminació constant d'arxius d'un disc dur. Cal destacar que, cada sistema operatiu, té un mètode de desfragmentació diferent; a més, pot fer ús d'una o diverses estratègies a el mateix temps.
Els problemes de fragmentació poden ser greus o lleus segons el sistema operatiu amb el qual s'estigui interactuant, a causa de la forma d'organitzar els arxius. Windows és el sistema en què es presenta molt més seguit; Linux, de la mateixa manera, pot tenir alguns inconvenients, però a menor escala. Concretament, això passa perquè el sistema col·loca parts d'arxius en espais buits on abans va estar un arxiu; això ocasiona que un arxiu es vagi fragmentant amb el pas el temps, fins a estar completament escampat pel disc dur. Amb la desfragmentació, s'augmenta el temps de vida d'un disc dur, i es redueix la capacitat a l'dur a terme operacions d'accés ràpid.
Hi ha dos tipus de fragmentació, la interna, en la qual es perd espai en el disc per l'existència d'arxius d'una mida major a el de l' clúster, i l'externa, causada pels paràmetres per defecte dels blocs d'un sistema de fitxers.
